국내 미등록 미국 특허 사용료의 국내 원천소득 해당 여부 및 원천징수 의무 분석
안녕하세요. 기업의 법률 리스크를 예방하고 핵심 정보를 전달해 드리는 법률 인사이트입니다.
글로벌 비즈니스를 운영하는 기업, 특히 해외 기업의 기술을 도입하거나 특허를 사용하는 제조·IT 기업 실무자라면 반드시 숙지해야 할 중요한 대법원 판결이 나왔습니다. 무려 30년 넘게 유지되어 오던 과세 관행을 송두리째 뒤집는 판결입니다.
그동안은 “한국에 등록되지 않은 미국 특허라면, 사용료를 줘도 한국 국세청에 세금을 낼 필요가 없다”는 것이 정설이었습니다. 하지만 2025년 9월, 대법원은 이 공식에 마침표를 찍었습니다.
미국 법인에 지급하는 특허 사용료(로열티), 이제는 세금 폭탄의 뇌관이 될 수 있습니다. 대법원 2021두59908 전원합의체 판결의 핵심 내용과 기업이 준비해야 할 대응책을 심층 분석해 드립니다.
1. 사건의 발단: “한국에 특허 등록도 안 했는데 왜 세금을 내?”
사건의 개요는 이렇습니다. 한국 기업 A사는 미국 법인 B사가 보유한 특허 기술을 사용하여 제품을 생산·판매하고, 그 대가로 B사에게 특허 사용료(로열티)를 지급해 왔습니다.
문제는 B사의 특허가 ‘미국’에는 등록되어 있지만, ‘한국’ 특허청에는 등록되어 있지 않았다는 점입니다.
기존의 대법원 판례(1992년 판결)와 실무 관행에 따르면, 외국 법인의 특허권이 국내에 등록되어 있지 않다면 그 사용료는 ‘국내 원천소득(국내에서 번 돈)’으로 보지 않았습니다. 즉, 한국 국세청이 과세할 권한이 없다는 뜻입니다. 따라서 A사는 B사에 로열티를 보낼 때 세금을 떼지 않고(원천징수 미이행) 전액을 송금했습니다.
하지만 국세청의 생각은 달랐습니다. “특허 등록 여부를 떠나서, 실질적으로 한국에서 그 기술을 써서 돈을 벌었지 않느냐? 그럼 세금을 내야 한다”며 A사에게 막대한 법인세(원천징수분)를 부과했고, 결국 소송전으로 번지게 되었습니다.
2. 30년 만의 판례 변경: “등록지보다 ‘사용지’가 중요하다”
1심과 2심을 거쳐 대법원 전원합의체까지 올라간 이 사건에서, 사법부는 결국 과세 당국(국세청)의 손을 들어주었습니다.
“미국 법인이 특허권을 국내에 등록하지 않았더라도, 그 제조 기술이나 노하우가 국내에서 제품 생산 등에 실질적으로 사용되었다면, 그 대가는 국내 원천소득인 ‘사용료 소득’에 해당한다.” (대법원 2025. 9. 18. 선고 2021두59908 판결)
이번 판결의 핵심 논리는 ‘실질과세의 원칙’과 ‘조약의 해석’에 있습니다.
- 기존 논리 (폐기): 특허권은 속지주의(등록된 나라에서만 효력 발생)를 따르므로, 한국에 등록 안 된 특허는 한국에서 ‘침해’ 자체가 성립 안 된다. 고로 사용 대가도 없다.
- 변경된 논리 (2025 최신): 한미조세조약상 ‘특허권’의 개념은 단순히 등록된 권리뿐만 아니라, ‘비밀 공식, 공정, 노하우 등 기타 이와 유사한 재산권’을 포괄한다. 따라서 한국에 등록이 안 되었어도 한국 공장에서 그 기술을 썼다면, 실질적으로 특허를 사용한 것과 다름없다.
즉, 형식적인 ‘특허 등록증’ 유무보다, “경제적 가치가 있는 기술이 어디서 쓰였는가?”를 더 중요하게 보겠다는 사법부의 강력한 의지 표명입니다.
3. 기업에 미치는 파장: 당장 무엇이 달라지나?
이번 판결은 단순히 법리 해석이 바뀐 것을 넘어, 기업 회계와 세무 처리에 즉각적이고 막대한 영향을 미칩니다.
① 원천징수 의무 발생 (15%)
이제 한국 기업은 미국 기업에 기술 사용료를 보낼 때, 한미조세조약에 따른 제한세율(통상 15%)을 미리 떼서(원천징수) 한국 국세청에 납부해야 합니다. 만약 예전처럼 전액을 미국으로 보냈다가는, 나중에 한국 기업이 그 세금과 가산세까지 전부 물어내야 합니다.
② 과거 지급분에 대한 세무조사 위험
판례가 변경됨에 따라, 국세청은 과거 5년 치(부과제척기간) 로열티 지급 내역을 들여다볼 명분이 생겼습니다. “미등록 특허라 세금 안 냈다”고 주장했던 기업들은 줄줄이 과세 통지서를 받게 될 가능성이 매우 높습니다.
③ 계약서 재검토 필수
많은 국제 계약서에는 “모든 세금은 한국 기업이 부담한다(Gross-up 조항)”는 독소 조항이 들어있곤 합니다. 이번 판결로 세금 이슈가 현실화하였으므로, 계약 내용을 다시 검토하여 세금 부담 주체를 명확히 하지 않으면 예상치 못한 비용 지출이 발생할 수 있습니다.
4. 대응 전략: 리스크를 최소화하려면?
해외 기술을 도입 중인 기업 관계자라면, 지금 즉시 다음 3가지를 점검하셔야 합니다.
- 로열티 성격 분류: 지급하고 있는 비용이 순수한 ‘특허 사용료’인지, 아니면 단순한 ‘물품 구매 대금’이나 ‘용역비’인지 법적으로 재분석해야 합니다. 용역비라면 과세 대상에서 제외될 여지가 있습니다.
- 노하우(Know-how) 여부 확인: 특허로 등록되지 않았더라도 ‘노하우’로 분류되면 이전부터 과세 대상이었습니다. 이번 판결은 미등록 특허까지 과세 범위를 넓힌 것이므로, 기술 정보의 성격을 명확히 규명해야 합니다.
- 전문가의 조력: 이는 국제조세와 지식재산권법이 복합적으로 얽힌 고난도 영역입니다. 섣불리 대응하다간 ‘조세 포탈’ 혐의까지 받을 수 있으므로, 기업 법무 및 조세 전문 변호사의 자문을 받아 선제적으로 수정 신고를 하는 것이 가산세를 줄이는 길입니다.
[마치며] 관행을 믿지 말고, ‘최신 판례’를 믿으세요.
30년 동안 이어진 관행도 대법원 판결 한 번에 휴지 조각이 될 수 있습니다. 특히 2025년 9월 선고된 이번 2021두59908 판결은 국경 없는 기술 시대에 과세권(Taxing Right)을 강화하려는 국가적 흐름을 보여줍니다.
우리 회사가 지급하는 해외 송금액, 과연 안전할까요? “남들도 다 안 낸다”는 말만 믿고 있다가 수억 원의 추징금을 맞을 수 있습니다. 경영의 불확실성을 줄이는 가장 확실한 방법은, 변화하는 법률 환경에 맞춰 리스크를 미리 진단하는 것입니다.
오늘 전해드린 정보가 귀사의 안전한 경영 활동에 도움이 되기를 바랍니다. 추가적인 법률 자문이 필요하시다면 언제든 문의해 주시기 바랍니다. 민사소송전문 법무법인 YK
[Key Points 요약]
- 사건번호: 대법원 2021두59908 (2025. 9. 18. 선고)
- 결론: 국내 미등록 미국 특허라도 국내에서 사용되면 사용료에 대해 과세(원천징수) 가능.
- 주의사항: 해외 로열티 송금 시 원천징수 누락 주의, 과거 지급분 리스크 점검 필요.
[면책 공고]
본 게시글은 판례에 기초한 일반적인 법률 정보를 제공하며, 구체적인 사실관계에 따른 법적 효력은 달라질 수 있습니다. 세무 신고 및 소송 관련 사안은 반드시 변호사 및 세무사의 전문적인 자문을 받으시기 바랍니다.